MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017774	GTT	4	12	10	21	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858850
2	NC_017774	ATA	2	6	32	37	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858850
3	NC_017774	AGT	2	6	52	57	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858850
4	NC_017774	TCG	2	6	146	151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858850
5	NC_017774	TAA	2	6	156	161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858850
6	NC_017774	CAG	2	6	180	185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858850
7	NC_017774	GT	3	6	202	207	0 %	50 %	50 %	0 %	386858850
8	NC_017774	ATAG	2	8	218	225	50 %	25 %	25 %	0 %	386858850
9	NC_017774	AG	3	6	227	232	50 %	0 %	50 %	0 %	386858850
10	NC_017774	AGT	2	6	250	255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858850
11	NC_017774	AAT	2	6	320	325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858850
12	NC_017774	TCA	2	6	335	340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858850
13	NC_017774	AAT	2	6	376	381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858850
14	NC_017774	GTC	2	6	400	405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858850
15	NC_017774	ATTA	2	8	406	413	50 %	50 %	0 %	0 %	386858850
16	NC_017774	TC	3	6	428	433	0 %	50 %	0 %	50 %	386858850
17	NC_017774	TAT	2	6	1778	1783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858851
18	NC_017774	TG	4	8	1936	1943	0 %	50 %	50 %	0 %	386858851
19	NC_017774	TAG	2	6	1986	1991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858851
20	NC_017774	TTG	2	6	2008	2013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858851
21	NC_017774	TA	3	6	2047	2052	50 %	50 %	0 %	0 %	386858851
22	NC_017774	AT	3	6	2088	2093	50 %	50 %	0 %	0 %	386858851
23	NC_017774	ATT	3	9	2110	2118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858851
24	NC_017774	T	6	6	2149	2154	0 %	100 %	0 %	0 %	386858851
25	NC_017774	T	6	6	2160	2165	0 %	100 %	0 %	0 %	386858851
26	NC_017774	ATT	2	6	2207	2212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858851
27	NC_017774	TCT	2	6	2276	2281	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858851
28	NC_017774	ATA	2	6	2420	2425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858851
29	NC_017774	CTT	2	6	2452	2457	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858851
30	NC_017774	CTT	2	6	2481	2486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858851
31	NC_017774	TGAT	2	8	2487	2494	25 %	50 %	25 %	0 %	386858851
32	NC_017774	TCT	2	6	2633	2638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858851
33	NC_017774	AT	3	6	2714	2719	50 %	50 %	0 %	0 %	386858851
34	NC_017774	TCT	2	6	2729	2734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858852
35	NC_017774	AGT	2	6	2737	2742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858852
36	NC_017774	ACTT	2	8	2770	2777	25 %	50 %	0 %	25 %	386858852
37	NC_017774	TCA	2	6	2783	2788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858852
38	NC_017774	CTT	2	6	2832	2837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858852
39	NC_017774	GTA	2	6	2928	2933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858852
40	NC_017774	ATT	2	6	2969	2974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858852
41	NC_017774	TAA	2	6	3012	3017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858852
42	NC_017774	GTA	2	6	3067	3072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858852
43	NC_017774	TAA	2	6	3075	3080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858852
44	NC_017774	GAA	2	6	3142	3147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858852
45	NC_017774	TG	3	6	3233	3238	0 %	50 %	50 %	0 %	386858852
46	NC_017774	ACT	2	6	3308	3313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858853
47	NC_017774	TCAGTT	2	12	3315	3326	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386858853
48	NC_017774	TAG	2	6	3328	3333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858853
49	NC_017774	CCA	2	6	3347	3352	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858853
50	NC_017774	AAT	2	6	3419	3424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858853
51	NC_017774	AGT	2	6	3480	3485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858853
52	NC_017774	GT	3	6	3508	3513	0 %	50 %	50 %	0 %	386858853
53	NC_017774	TAC	2	6	3541	3546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858853
54	NC_017774	TCT	2	6	3552	3557	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858853
55	NC_017774	AAG	2	6	3562	3567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858853
56	NC_017774	ATT	2	6	3641	3646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858853
57	NC_017774	ATG	2	6	3649	3654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858853
58	NC_017774	TTTGTT	2	12	3673	3684	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386858853
59	NC_017774	CCT	2	6	3738	3743	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858853
60	NC_017774	TAG	2	6	3752	3757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858853
61	NC_017774	CAT	2	6	3778	3783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858853
62	NC_017774	GCA	2	6	3813	3818	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858853
63	NC_017774	CAG	3	9	3886	3894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858853
64	NC_017774	T	7	7	3949	3955	0 %	100 %	0 %	0 %	386858853
65	NC_017774	T	8	8	4012	4019	0 %	100 %	0 %	0 %	386858853
66	NC_017774	CCT	2	6	4083	4088	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858853
67	NC_017774	GCT	2	6	4089	4094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858853
68	NC_017774	TAC	2	6	4138	4143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858853
69	NC_017774	T	7	7	4158	4164	0 %	100 %	0 %	0 %	386858853
70	NC_017774	AG	3	6	4169	4174	50 %	0 %	50 %	0 %	386858853
71	NC_017774	CTT	2	6	4243	4248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858853
72	NC_017774	T	6	6	4274	4279	0 %	100 %	0 %	0 %	386858853
73	NC_017774	TTTGT	2	10	4328	4337	0 %	80 %	20 %	0 %	386858853
74	NC_017774	T	9	9	4351	4359	0 %	100 %	0 %	0 %	386858853
75	NC_017774	T	6	6	4381	4386	0 %	100 %	0 %	0 %	386858853
76	NC_017774	AT	3	6	4438	4443	50 %	50 %	0 %	0 %	386858853
77	NC_017774	TAT	2	6	4507	4512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858853
78	NC_017774	GAAA	2	8	4653	4660	75 %	0 %	25 %	0 %	386858854
79	NC_017774	TATT	2	8	4661	4668	25 %	75 %	0 %	0 %	386858854
80	NC_017774	TTG	2	6	4669	4674	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858854
81	NC_017774	TAA	2	6	4683	4688	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858854
82	NC_017774	ATTT	2	8	4698	4705	25 %	75 %	0 %	0 %	386858854
83	NC_017774	T	6	6	4703	4708	0 %	100 %	0 %	0 %	386858854
84	NC_017774	TTG	2	6	4744	4749	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858854
85	NC_017774	TCA	2	6	4752	4757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858854
86	NC_017774	TCT	2	6	4771	4776	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858855
87	NC_017774	GTAA	2	8	4812	4819	50 %	25 %	25 %	0 %	386858855
88	NC_017774	ATG	2	6	4868	4873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858855
89	NC_017774	ATTGA	2	10	4910	4919	40 %	40 %	20 %	0 %	386858855
90	NC_017774	ATAA	2	8	4920	4927	75 %	25 %	0 %	0 %	386858855
91	NC_017774	AAG	2	6	4999	5004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858855
92	NC_017774	ATC	2	6	5014	5019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858855
93	NC_017774	T	7	7	5030	5036	0 %	100 %	0 %	0 %	386858855
94	NC_017774	TATT	2	8	5199	5206	25 %	75 %	0 %	0 %	386858856
95	NC_017774	TTCAGA	2	12	5255	5266	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386858856
96	NC_017774	CTT	2	6	5274	5279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858856
97	NC_017774	TTC	2	6	5285	5290	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858856
98	NC_017774	TAA	2	6	5311	5316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858856
99	NC_017774	ATACT	2	10	5341	5350	40 %	40 %	0 %	20 %	386858856
100	NC_017774	ATTTTT	2	12	5363	5374	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386858856
101	NC_017774	GA	3	6	5400	5405	50 %	0 %	50 %	0 %	386858856
102	NC_017774	TAC	2	6	5489	5494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858856
103	NC_017774	TTG	2	6	5530	5535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858856
104	NC_017774	TCT	2	6	5650	5655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858857
105	NC_017774	AGT	2	6	5664	5669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858857
106	NC_017774	TTTGGA	2	12	5737	5748	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386858857
107	NC_017774	TCT	2	6	5787	5792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858857
108	NC_017774	ACAT	2	8	5810	5817	50 %	25 %	0 %	25 %	386858857
109	NC_017774	TAT	2	6	5888	5893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858857

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.